股權分置的由來和發展可以分為以下三個階段： 
　　第一階段：股權分置問題的形成。我國證券市場在設立之初，對國有股流通問題總體上采取擱置的辦法，在事實上形成了股權分置的格局。 
　　第二階段：通過國有股變現解決國企改革和發展資金需求的嘗試，開始觸動股權分置問題。1998年下 半年到1999年上半年，為了解決推進國有企業改革發展的資金需求和完善社會保障機制，開始進行國有股減持的探索性嘗試。但由于實施方案與市場預期存在差距，試點很快被停止。2001年6月12日，國務院頒布《減持國有股籌集社會保障資金管理暫行辦法》也是該思路的延續，同樣由于市場效果不理想，于當年10月22日宣布暫停。 
　　第三階段：作為推進資本市場改革開放和穩定發展的一項制度性變革，解決股權分置問題正式被提上日程。2004年1月31日，國務院發布《國務院關于推進資本市場改革開放和穩定發展的若干意見》(以下簡稱《若干意見》)，明確提出“積極穩妥解決股權分置問題”。