1911年至1949年民國時期，海峽兩岸中醫藥的發展頗為艱辛與困難。但不論在北洋政府統治時期，或在國民黨政府統治期間，或在日本占領臺灣地區期間，都未能阻擋兩岸同胞對祖國傳統醫藥的傳承、發展與交流，他們以各種方式和手段進行奮力的抗爭。雖然中醫藥發展面臨空前的困難，但是，海峽兩岸中醫界同仁仍然以各種形式傳承和發展中醫藥，兩岸中醫藥交流不斷，充分體現了中國傳統醫藥文化的凝聚力和親和力，也體現了海峽兩岸同胞的醫緣與藥緣。

民國時期(1911～1949年)，不論在大陸，或在臺灣，中醫學的發展都面臨著生死存亡的時刻。面對當局各種倒行逆施的政策，海峽兩岸中醫界同仁，以各種形式進行了奮力的抗爭與交流，并且竭力地傳承與發展中醫學。

時代背景

    1911年至1949年，不論是北洋政府統治時期，還是國民黨政府統治期間；不論在大陸，還是在臺灣，中醫學的發展都面臨著空前的困難。

1912年，北洋政府教育總長汪大燮竭力主張廢棄中醫藥。1914年，袁世凱提出“廢止中醫，不用中藥”，汪精衛則主張“不但國醫一律不許執業，全國中藥店應限令歇業”。1927年至1949年國民黨統治時期，對中醫藥也是采取廢止政策。盡管在各地中醫藥界的強烈反對下，當局取消了廢止中醫議案，但1936年，有關主管部門公布的《中醫條例》仍充滿著歧視的內容。由于北洋政府、國民黨政府妄圖消滅中醫的政策，使得大陸中醫發展遭到嚴重摧殘。

1895年的甲午戰爭，臺灣被割讓給日本。為了永久霸占臺灣，消除臺灣同胞的中華文化觀念，日本侵略者強制推行各種“改革”。其中對中醫采取自然淘汰制管理，即舉辦一次考試后不再許可的方式，使中醫因死亡老殘而自然逐年減少。因此，在日本侵臺初期，曾對臺中醫師進行過一次考試，然后頒發許可證，并規定了許多限制；繼而對中醫采取扼殺、取締政策，對具備行醫資格的中醫師，不發給執照，不準行醫。據1897年的統計，土人醫1070人，包括漢醫1046人、洋醫24人；而至1945年日本投降，臺灣回歸祖國時，臺灣持有從事中醫執業許可證者僅97人，臺灣地區中醫藥事業受到日本侵略者的極大摧殘。

民國時期，海峽兩岸中醫藥發展都受到極大的摧殘與限制，但是這些未能阻擋中華民族對中醫藥學的傳承與宏揚，海峽兩岸中醫藥的交流仍然不斷。

中醫教育交流

20世紀30年代，大陸中醫藥界一些團體與個人不顧當局的阻撓，相繼興辦中醫學校，力爭中醫學校加入教育系統，如上海有上海國醫學校、中國醫學院等；福州有私立福州中醫專門學校、福州中醫學社等；廈門有廈門國醫專門學校等。這些中醫學校的創辦，吸引了大批有志于中醫藥發展的同仁，也吸引了許多臺胞來大陸學習中醫藥。

在臺灣，面對日本殖民統治當局的文化同化政策和思想奴化教育，廣大臺胞一刻也沒有停止反抗日本文化殖民統治的斗爭。他們以不同的方式同日本殖民主義者展開了長期的斗爭，以維護中華民族傳統文化和臺灣本土文化。許多臺胞甚至不畏艱辛，回到祖國大陸學習漢語、學習中醫。當時廣州、廈門、南京、上海、北京等地大學生中均有不少臺灣籍學生。其中到上海國醫學院學習中醫的臺胞有蘇豐任、蔡榮華、鐘金枝等；在吳瑞甫主辦的廈門國醫專門學校里學習中醫藥的有葉振成等。這些臺胞通過學習中醫藥，增進了海峽兩岸同胞對祖國傳統醫藥的認同與傳承，也體現了祖國醫藥文化的凝聚力和親和力。