明代后期逐漸衰亡

洪武三年（1370年），朱元璋詔令南京、北京及全國府州縣置惠民藥局。全國陸續開局者不少。如江蘇太倉州、江西建昌府、山東新泰縣及浙江杭州、寧波、蕭山等45個府州縣置惠民藥局。宣德三年（1428年），明宣宗下詔，各地要趁農閑之時修繕藥局房舍，并派監察御史及按察司官員到各地巡視。但是，明代官藥局卻在萬歷年間走向衰亡，官藥局體制約歷500年走完歷程（1076~1619年）。

古代官藥局在明朝晚期衰亡是一個漸進過程。

宋代，官藥局在初建的一段時期，有過增收惠民的輝煌成就，受到朝廷嘉獎和社會贊揚。可是后來內部產生以權謀私、官商作風、供應品種減少，以及侵占、偷盜等腐敗違法現象而留下罵名。南宋文人俞文豹在《吹劍錄外集》中，有一段著名的總結性抨擊，他在最后處說：“老百姓只享受到名義上的好處，官吏們得到了實實在在的利益。所以，京城人稱惠民局為‘惠官局’，和劑局為‘和吏局’。”事實的確如此。奸臣童貫被罷官抄家時，發現私庫中藏有和劑局理中丸數千斤。

元代官藥局，曾因經營虧本一度“悉罷革之”。明代中期以后，政治日益腐敗。萬歷年間（1573~1619年），皇帝20多年不理朝政，北京戎府街，有皇帝與宦官合伙開辦的寶和、和遠、順寧、福德、福吉、延寶六家皇店，專門經營各地運來的雜貨及犀角、象牙、珍珠、人參、鹿茸、朱砂、水銀及其他藥材。對官藥局進行釜底抽薪。

皇室追求私利，遼東又有后金威脅，明代官藥局已變成為病者診病賣藥，遇疫病流行制藥施藥的衛生慈善機構。正如嘉靖時醫史學家李濂在《惠民藥局記》中所記：“凡是到惠民藥局求治的病人，都集中在木條圍欄的外面等候，而內科、外科醫生，則各看各科病人，診斷疾病，對癥下藥。”在人口較多、藥業較盛的蘄州，惠民藥局僅有門房一間，疫病流行時為貧病者施藥。嘉靖二十一年（1542年），京師疫病流行，太醫院和惠民藥局都依方制藥，在城門等處散發。

萬歷十五年（1567年）5月京城疫病流行，京師在五個城門現開藥局救治。從5月15日到30日，問病求藥者日以千計。旬日后疫氣解除，共治病者超過10萬人，共用藥品超過20萬斤。由此看來，官藥局大致是在萬歷年間消亡。另一方面，明代官藥局在內困重重的同時，遇到了迅速發展的民營藥業的有力競爭，促使其加速衰亡。