農民工的合法權益最根本的就是公民的基本權利，即公民權。在我國，公民權主要包括：經濟性權益，有報酬權、收益權、同工同酬權、就業機會均等權、社會保障權、社會福利權等；社會性權益，有自由擇業權、勞動安全保護權、子女平等受教育權、職業技能培訓權、勞動爭議處理權、休息權、休假權等；政治性權益，有人格權、人身自由權、參與社會管理權等。

中公教育專家總結以下農民工權益保障存在著諸多的問題需要解決的方面：

問題之一：勞動權益屢遭侵害。

第一表現就是就業受限制。長期以來的城鄉二元體制使城市勞動力市場被人為地分割為正式市場和非正式市場。絕大多數進城務工的農民只能在非正式市場尋找就業機會，從事的是城市人不愿干的“臟、累、粗、險”的工作。隨著近年來城市下崗工人的增多，城市就業壓力加大，對原來不愿意做的一些工作，現在城市人也開始加入競爭的行列中來，一些城市又從保護本地人就業的角度出臺了禁止和限制外來人口。

第二表現在于取得合理勞動報酬的權利遭到侵害。表現在：一是同工不同酬，農民工雖然從事的與城市人同樣的工作，卻拿著不一樣的報酬；二是加班不給加班費或少給加班費；三是拖欠甚至拒付工資。

第三表現是社會保險和福利待遇、文化生活沒有保障。在現實生活中，農民工的社會保險和福利待遇普遍沒有保障。這些不公平的遭遇都源于城鄉二元體制下社保政策不夠完善。而看電視、打撲克是農民工的主要休閑方式，城市一些文體設施門檻較高，未能向他們免費開放。

第四表現是工作生活環境惡劣，缺乏勞動保護。有的用人單位為了降低生產成本，不注意改善工作環境，不給農民工配發必要的勞動保護用品，導致農民工工作的安全隱患多，職業病發病率較高。因此產生的工傷、職業病都是農民工權利遭侵害的頻發環節，也是維護農民工權益的難點。

問題之二：政治權益難以實現。

第一政治權利不能實現。由于長年在外，有的地方村委會選舉有60%以上的農民工沒有回鄉參加過選舉。第二是人格及人身自由受到侵害。每當遇到勞務糾紛時，農民工成為被侮辱的對象，辱罵、搜身、挨打的現象時有發生。有的用工單位為了防止農民工中途辭職、偷拿東西，隨意扣押身份證及工資，限制離開廠區及經營場所。

問題之三：社會權益得不到尊重。

一來農民工子女得不到良好的教育。由于城市里公辦學校需要繳納高額的借讀費，農民工很難承擔。二來休息休假的權利往往得不到保證。農民工普遍反映勞動超時現象嚴重。不少個體、私營及涉外企業經常讓員工加班加點，即使國家法定節假日也不放過，法律規定的加班時限及報酬對這些企業來說形同虛設。

[事件鏈接]

12月5日，在貴州省遵義市打工的4名農民工因急于趕往火車站返家，無奈接受遵義10路公交車司乘人員開出的“議價”車票：原本1元坐全程的票價，因為他們提了四個大旅行包，車票變成了30塊錢。此事被微博網友稱為“史上最貴公交車”，并引來多位遵義市民自發代為討要說法。

2011年底，關于農民工討薪問題呈現了兩個畫面：一是某縣一個工地，3名男子討薪未果爬上塔吊準備跳樓，最終被消防員救下；二是在一家民營企業打工的田紹清等21名農民工被欠薪6.9萬元久拖不結，河南省高院院長一經過問，欠款者立時兌現。