蒙古族人民中流傳著這樣一句民間諺語：“病之始，始于食不消；藥之源，源于百煎水。”諸如奶食、肉食、骨湯之類，只要食用適當，都可以起到滋補、強身、防病、治病的作用。這是古代蒙古人從長期的生活實踐中總結出來的飲食療法的前身，在《蒙古秘史》中也有這方面的記載。

在藥物學方面，蒙醫藥家們創造了適合于本地區實際情況的獨特的配制法和用藥法等。同時還吸收了西藏。印度等地區和兄弟民族的藥物學理論知識，使自己的藥物學理論不斷完善和發展。在17～18世紀涌現出很多著名的藥物學家、方劑學家和蒙藥著作醫學教育|網搜集整理。如伊希巴拉珠爾撰寫的《認藥白晶藥鑒》一書就是內容比較豐富的蒙藥學著作；18世紀藥物學家羅布桑蘇勒和木撰寫了《認藥學》四部書，即《珠寶、土、石類認藥學》《木、湯、滋補類認藥學》《草類認藥學》《鹽、灰、動物類認藥學》，主要闡述了藥物的形態，為認藥、采藥和研究藥物提供了依據。 蒙醫治療強調“治未病”、“求本”、“扶正祛邪”、“調理三根”和“因人、因時、因地制宜”等治療原則。

蒙醫認為：疾病是在各種致病因素的影響下，三根出現偏盛偏衰、失去相對平衡的情況下產生的，只有保持三根互相協調，才能維持人體正常的生理功能，身體方能健壯無病。因此，治療一切疾病的過程，實際上就是調整赫依、希拉、巴達干三者，使之趨于平衡的過程。

其中，內科疾病多以內服藥為主醫學教育|網搜集整理，同時配合外治放血、薰蒸、冷熱敷、濕藥浴、銀針等多種療法。臨床過程中，要注意在正確區分不同的體質特征（包括赫依型、希拉型、巴達干型及聚合型四種），仔細辨別疾病的誘發因素（包括飲食、起居、時令和突發因素等四種），認真分析病因病機（包括赫依、希拉、巴達干、血、黃水、粘蟲六因，也稱六基癥）和疾病性質（概括為寒熱兩類）的基礎上，根據具體病種的不同特點，分清主次，采用不同的治療原則和治療方法。同時，要密切注意和防止疾病的轉化，如瘟熱病尚未成熟時，要注意防止轉化為空虛熱；治療毒熱癥與包如病時，要注意防止其轉化為陳熱病，巴達干病與希拉病治療，要注意防止其轉化為隱伏熱癥等等；要特別注意不要被疾病的假象所蒙蔽，診斷要正確，誤診要及時糾正，而后確立治則治法和投藥，如：毒癥，包如病、陳熱三種疾病，其癥狀極易相混，如診斷不清，就會造成治療誤差，而不能獲得根本的療效。

總之，蒙醫治療疾病一般采取以藥物、外治、飲食起居等多種療法相結合綜合性治療手段。