他說：“醫之效立見，故名醫百無一人；學之講無稽，故村儒舉目皆是。”意思是說，醫家治病需要立見功效，講究的是真本事，摻不得半點虛假，“故名醫百無一人”；而理學所言無法稽察其正確與否，難免夸夸其談，濫竽充數，“故村儒舉目皆是”。認為講究務實的醫術遠比浮夸之理學重要，闡揚了他尊崇醫術，蔑視理學的觀點。

他還認為，將薛雪的良方、醫案整理傳世，“可以拯人，可以壽世，當高出語錄、陳言萬萬”——比程朱理學的語錄要高明而實用。這在注重理學，輕視方術的社會里，顯示出不同尋常的獨特見解。

紀曉嵐論理學是非

紀曉嵐所撰《閱微草堂筆記》中，在“理學害人”一節里記錄了這樣一個故事：某醫生素來謹慎忠厚，有老嫗手拿珠花金釧首飾，兩次到他處求購墮胎藥。某醫嚴辭拒絕，趕她出去。半年后，該醫在夢中被捉到陰曹地府，一個項上勒著紅巾的婦女，哭訴她向醫生求藥而不給的經過，指控他殺人。某醫爭辯道：藥是救人性命的，怎么能用來殺人呢？你因奸情而遭難，與我何干？女子說：我求藥時身孕尚未成形，如果墮掉，我可以不死。無奈生下孩子被扼死，我也被逼上吊，你要保全一條命，反而要了兩條命，不是你的罪，能是誰的罪呢？陰司的冥官嘆道：你說的是實情，他遵循的是法理，宋代以來拘執于一理而不顧及實際利害的，難道只有他嗎？你算了吧。一拍桌子，某醫驚嚇而醒。

這是一個涉及到醫學倫理的比較復雜的命題，紀曉嵐以“理學害人”為題目，正顯示出他對腐儒理學的批判立場，這在當時是十分難能可貴的，至今亦有啟發意義。　

《閱微草堂筆記》載：內閣學士永寧嬰，患疾頗委頓，延醫診視，未能立愈，改延一醫，索前醫所用藥方弗得，以為小婢誤置他處，責令其查索，云如不得且剳汝。公倚枕憩息，恍惚有人曰：“公勿剳婢，醫家同類皆相忌，務改前醫之方以見已所長，公所服藥不誤，特初試一劑，力尚未至耳。使后醫見方，必相反以立異，則公殆矣。”稍頃始悟，乃告稱前方已失，不復記憶，請后醫另疏方，視所用藥仍系前醫方也，因連進數劑，病霍然如失。

明·龔廷賢曾說：“吾道中有等無行之徒，專一夸己之長，形人之短，每至病家，不問疾疴，惟毀前醫之過以駭患者。”可見，紀曉嵐所揭陋習確實存在。