這一時期方劑學研究的特點是由博返約，向理論研究深化。較有代表性的著作如下：

　　1、費伯雄《醫方論》

　　費伯雄著于1865年，費氏針對《醫方集解》所載方藥詳加評論，從中反映出費氏在方劑學理論研究方面的見解和成就。作者強調辨證論治，反對濫用方藥。他的評述對后世深入學習方劑理論，正確掌握制方之法及臨床用途，具有較高價值。

　　2、蔣方芳《時方論》

　　該方不僅是一部簡明實用的教本，也是當時較好的方論著作《時方論》以闡述主理的主要內容，所列87方（例案），方論緊密結合，論述簡明透徹。

　　近百年來，不少醫家長期致力于整理編纂古今方書，取得較突出的成就，較早的有文晟輯《醫方十種匯編》。

　　在此之后，出現了多種大部頭的總結性方書，如曹繩彥《古今名醫萬方類編》、吳克潛《古今醫方集成》、察隨仙《中國醫藥匯海·方劑部》等等，并有一些溝通中西醫的著作。

　　這一時期，單方、秘方、驗方的收集取得較突出的成就，據不完全統計，先后編纂刊印的各種方書約達300種，其中有一些流傳較廣和有特色的著作。

　　1、鮑相璈《驗方新編》

　　于1846年仲春匯編成。全書約92門（部），各病癥下附有單方、驗方，共收3240余萬。以價廉，易得，有效為原則，力求方藥穩妥。

　　2、王士雄《四科簡效方》

　　王士雄一向重視收集單方、驗方，18454年輯《四科簡效方》便于窮鄉僻壤，無醫少藥之地查用；此外尚有龔自家等《醫方易簡新編》；黃伯垂《經驗良方大全》；楊馥焦、潘之偉《經驗秘方》李克蕙《驗方輯要》等。

　　此期還有不少匯通方書，如丁福保《中西醫方會通》，陳繼武《中西驗方新編》以及唐川《六經方證中西通解》等。