魏晉南北朝時期是香熏發展史上重要的承上啟下時期。此時進入中原的外來香藥品種不斷增加，當時志傳類著作如《南州異物志》、《廣志》、《南方草木狀》等都記錄了不少香藥的內容。隋唐兩宋時期，香熏的發展進入鼎盛期，香熏的使用更加系統化、精細化。

士大夫的香熏時尚

魏晉時，男子熏衣之風尤為突出，如西魏時，文帝曹丕好熏香，竟因香氣太盛而致馬匹受驚，《魏書·方技傳》載曰“馬惡衣香，驚嚙文帝膝”；尚書令荀彧特別喜愛熏衣，時人稱“荀令君至人家，坐處三日香”，因而有“荀令留香”的典故（《襄陽記》）。到了南北朝時期，據《顏氏家訓》記載，貴族子弟已是“無不熏衣剔面”了。

此時，文人們寫出了不少與香熏有關的文學作品，如曹丕、曹植的《迷迭香賦》，傅咸、成公綏的《蕓香賦》等等。香學專著也開始出現，如南朝范曄著有《和香方》，其自序中載有關于各種香料特點和使用注意事項的論述：“麝本多忌，過分即害；沉實易和，盈斤無傷。零藿燥虛，詹唐黏濕。”

醫、道用香

道家認為香可以輔助修道，東晉《太丹隱書洞真玄經》曰“燒青木香及熏陸安息膠于寢處頭首之間者，以開通五濁之臭，止地上魔邪之氣，直上沖天四十里”；北魏道士寇謙之為每種齋儀都規定了相應的儀式，凡求愿、治病、超度亡靈等都須先起香火、拈香訴愿。葛洪《抱樸子內篇·黃白》載煉丹、齋醮時須焚香：“凡作黃白，皆立太乙、玄女、老子坐醮祭，如作九丹法，常燒五香，香不絕”。

此時香藥在醫療上的用法也日趨豐富，包括了內服、佩帶、焚燒等各種方法。《抱樸子內篇》中有不少涉及香的內容，如論述香藥之珍貴“人鼻無不樂香，故流黃、郁金、芝蘭、蘇合、玄膽、素膠、江離、揭車、春蕙、秋蘭，價同瓊瑤”（見“辨問”）；另有入山辟蛇法，“以麝香丸著足爪中，皆有效也”（見“登涉”）等等。又《肘后備急方·治面皰發禿身臭心惛鄙丑方》載有“六味熏衣香方”，方用沉香、麝香、蘇合香、白膠香、丁香、藿香，為醫籍收錄香方的較早記載。陶弘景在《本草經集注》中也收錄了蘇合香、龍腦香、熏陸香等外來香藥，并且在為多種香藥作注時，多有提及“道家用以合香”之語；其《登真隱訣·卷下·章符》則曰“因病入靜，需四面燒香，安四香爐”。

此外，《隋書·經籍志》中著錄有《香方》（宋明帝撰）、《龍樹菩薩和香法》、《雜香方》、以及《雜香膏方》等，雖然書籍已佚，但已經能夠反映出當時香方的豐富繁榮狀況了。

此時由于江浙一帶青瓷的興盛，一時各種青瓷熏爐十分普及，如現藏于浙江省博物館、南京市博物館、蘇州市博物館的各類青瓷香熏爐。