水體富營養化的危害主要表現在三個方面。

　　(1)富營養化造成水的透明度降低，陽光難以穿透水層，從而影響水中植物的光合作用和氧氣的釋放，同時浮游生物的大量繁殖，消耗了水中大量的氧，使水中溶解氧嚴重不足，而水面植物的光合作用，則可能造成局部溶解氧的過飽和。溶解氧過飽和以及水中溶解氧少，都對水生動物(主要是魚類)有害，造成魚類大量死亡。

　　(2)富營養化水體底層堆積的有機物質在厭氧條件下分解產生的有害氣體，以及一些浮游生物產生的生物毒素(如石房蛤毒素)也會傷害水生動物。

　　(3)富營養化水中含有亞硝酸鹽和硝酸鹽，人畜長期飲用這些物質含量超過一定標準的水，會中毒致病等等。

　　水體富營養化，常導致水生生態系統紊亂，水生生物種類減少，多樣性受到破壞。昆明滇池水質在20世紀50年代處于貧營養狀態，到80年代則處于富營養化狀態，大型水生植物種數由50年代的44種降至20種，浮游植物屬數由87屬降至45屬，土著魚種數由15種降至4種;武漢漢江在1992年發生水華時，藻類種群的多樣性指數也呈下降趨勢。普遍的重富營養造成多種用水功能的嚴重損害，甚至完全喪失。武漢漢江下游因出現水華現象而導致漢川自來水廠被迫關閉，宗關自來水廠的凈化工序困難，反沖增加，制水成本增加。此外，由于藻類帶有明顯的魚腥味，從而影響飲用水質。而藻類產生的毒素則會危害人類和動物的健康。

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