引起小兒腹瀉的病原種類很多，根據(jù)全國各地資料報道我國感染性腹瀉病的主要病原為致瀉性大腸桿菌、志賀氏菌、空腸彎曲菌、沙門氏菌、輪狀病毒，仍以細菌性病原為主（城市57.6%，農(nóng)村占64.9%）

　　細菌

　　1.致瀉性大腸桿菌：包括致病性大腸桿菌（EPEC）、產(chǎn)毒型大腸桿菌（ETEC）、侵襲型大腸桿菌（ELEC）、出血性大腸桿菌（EHEC）和粘附性大腸桿菌（EAEC）。

　　2.空腸彎曲菌：人類腹瀉中約有3-4%由此菌引起，健康人帶菌約1%，空腸彎曲菌腸炎好發(fā)于5歲以下兒童。

　　3.鼠傷寒沙門氏菌：是感染性腹瀉病的重要病原，近年來呈廣泛流行，傳染性強，癥狀嚴重，治療困難，病死率高。

　　（二）病毒：60年代初期，我國就有“秋季腹瀉”流行，均認為系病毒引起，實際上當時把病因不明的腹瀉均認為病毒性腹瀉。由于經(jīng)濟和衛(wèi)生狀況的改善和防治工作的不斷提高，病毒性腹瀉所占比例會越來越大。

　　1.輪狀病毒：1973年澳大利亞學者Bishop在電鏡下于急性腹瀉患兒十二脂腸粘膜活檢標本中，發(fā)現(xiàn)上皮細胞內(nèi)存在大量球形病毒顆粒，根據(jù)其類似車輪狀形態(tài)，1975年命名為“輪狀病毒”（Rota Virus），該病毒是引起嬰幼兒腹瀉的主要病原之一，估計全世界40%的感染性腹瀉病多由輪狀病毒所引起，因其多發(fā)生在秋冬寒冷季節(jié)，故亦稱秋季腹瀉。

　　2.諾沃克（Norwalk）病毒：是成人與年長兒流行性非細菌性腸炎的主要病因。

　　3.腸腺病毒：可引起腹瀉，正常人糞便中約5%亦能檢測出該病毒，對于其在腹瀉中的致病作用尚有爭議。

　　（三）其它：由于檢測技術的提高，隱孢子蟲感染的報道日漸增多，它是遷延性腹瀉病的主要病原之一。白色念珠菌是真菌性腸炎的主要病原體，多發(fā)生于營養(yǎng)不良及長時期應用抗生素的患兒，腹瀉易呈遷延性。