（一）機械的阻擋和排除作用

　　健康和完整的皮膚與粘膜能有效地阻擋細菌的侵入。呼吸道粘膜上皮細胞的纖毛向上顫動，可將細菌咳出或咽下；隨糞便每日約排菌1012個；小便可清除尿道上皮的細菌。

　　（二）分泌液中化學物質的局部抗菌作用

　　汗腺分泌的乳酸，皮脂腺分泌的脂肪酸均有一定的抗菌作用。胃酸能殺死寒桿菌、痢疾桿菌和霍亂弧菌。陰道分泌物中的酸類亦有抗菌作用。前列腺分泌的精素（Spermine）是正常精液中存大的對革蘭氏陽性細菌有效的抑制物。淚液、唾液、乳汗和呼吸道分泌物中廣泛分布的溶菌酶能溶解革蘭氏陽性細菌。

　　（三）正常菌群的拮抗作用

　　人體表以及與外界相通腔道中的正常菌群，可以通過它們的代謝產物對抗病原菌入侵。例如皮膚上的痤瘡丙酸菌（Propionibacterium acnes）能產生抗菌性脂類、抑制金黃色葡萄球菌和化膿性鏈球菌在皮膚上生長；腸道中的某些厭氧菌能產生脂肪酸阻止沙門氏菌在局部生存；腸道中大腸桿菌產生的大腸菌毒和酸性產物能抑制痢疾桿菌、金黃色葡萄球菌；咽部的草綠色鏈球菌似能阻止肺炎球菌在局部生長；鼻腔的表皮葡萄球菌和類白喉桿菌能妨礙金黃色葡萄球菌定居等。當這種拮抗作用受影響時，則可發生菌群失調癥。