《傷寒論》中所用藥物非常廣泛，以《傷寒論》所用112方與93味藥來看，有扶正祛邪免疫作用的人參、黃芪、白術、云苓、當歸、甘草、大棗等藥物的條文不下上百條。在其所載扶正祛邪藥物中，多有增強免疫機能、調理臟腑、補養氣血的作用。現舉例如下：

　　人參：能鼓舞正氣，增強機體免疫力而增強抗病能力。《本經》用人參的條文68條，如桂枝人參湯用于扶正祛邪，增強機體免疫力。

　　黃芪：可增強病毒誘生干擾素的能力，并能通過促進細胞體液免疫反應，增強吞噬功能。《本經》用黃芪條文11條，如黃芪桂枝湯，就是增強機體免疫力，扶正祛邪的方劑之一。

　　甘草：《傷寒論》用甘草69次。實驗證明，甘草有抗變態反應作用，能延長移植組織的存活時間，對枯草桿菌“一淀粉酶免疫小鼠醫學教育|網搜集整理的抗體產生有抑制作用，甘草所含的LH作用驅邪于T細胞，有促進免疫作用。

　　大棗：《傷寒論》用大棗40次，也是在《本論》中出現頻率較高的一種藥物，藥理研究其含大量AMP樣物質，人口服時末梢血漿及白細胞內的CAMP含量均明顯上升。免疫學認為，免疫反應與分子生物學中的CAMP和CGMP有關，故大棗對免疫功能有重要影響。

　　至于本論中運用較廣的其它藥物如芍藥、附子、桂枝、白術、茯苓、麥冬、豬苓等，均不同程度地顯示了促進免疫，從而祛除邪氣。