組織是由人員、職位、職責、關系、信息等組織結構要素構成的，其中各個職位與工作部門就相當于一個個節點，各節點之間的有機聯系，就構成了組織結構。組織結構就是系統內組成部分及其相互關系的框架，具體地說就是根據組織系統的目標與任務，將組織劃分成若干層次與等級的子系統，并進一步確定各層次中的各個職位及相互關系。

　　2.組織規模

　　工程項目管理中的組織規模通常是指該組織管轄人員數量的多少。例如說某公司有多大規模，往往是指其員工有多少人，具體又可以分為正式員工人數、客聘專家人數等。

　　3.部門設置

　　部門設置包括部門職能的合理確定與部門劃分兩個方面的內容，這是組織機構設置中的一對重要關系。

　　(1)部門的劃分。部門的劃分是指在項目管理機構中設立多少部門和設立哪些部門。部門過多將造成資源浪費和工作效率低下，部門太少則會造成部門內事務太多，部門管理困難等問題。

　　(2)部門職能的確定。部門職能是指部門所應負責的工作與事務范圍。部門負責的工作與事務太少，部門將人浮于事，影響工作效率和公司風氣。職能過多，部門的人員會疲于忙碌，管理困難，影響工作質量。

　　(3)部門職能與部門劃分的關系。部門過多，每個部門的職能就會減少;部門少，每個部門的職能就可能會增加。因此首先要科學處理好部門職能與部門數量的關系;同時劃分部門與部門職能的設定又是緊密聯系的。部門劃分的科學合理，各部門之間的職能分工就容易合理設定，如果部門職能設定不合理，將會增加部門的數量，容易造成管理上的混亂。

　　(4)部門設置的方法。部門設置的最基本形式是把組織的總體任務分解成若干個子任務，以完成子任務的單元為基礎形成部門，即工作部門專業化。部門設置的另一種基本形式是按組織(公司或其他機構)自身總體職能與任務的要求，把組織分成若干個具有固定職能分工和業務范圍的部門，即實行部門職能化。例如，一些咨詢公司分為能源業務部、農林水業務部、一般工業業務部等。