同時，十幾年來形成的基礎、主體、竣工三部到位等級核定與巡回抽查相結合的工程質量監督運行方式，隨著我國經濟體制改革的深化和社會主義市場經濟體制的逐步建立，也出現了諸多的矛盾和問題。
　　社會過多依賴工程質量監督核驗，客觀上把工程質量監督機構視為了工程質量的責任者。
　　工程質量“誰核定，誰負責”，政府工程質量監督機構變相成為工程質量的責任者，而直接參加工程建設的各方責任主體，反而“袖手旁觀”，進而顛倒了市場經濟活動中產品的制造者以產品直接負責的規律，而質量監督機構的行為是政府授權的，質量監督是政府管理行為的延伸，政府同樣也成為工程質量的責任者。客觀上造成了從微觀管理向宏觀管理、從直接管理向間接管理轉變的政府管理體制改革與現行三部到位等級核定的工程質量監督運行方式的矛盾與不和諧。
　　單一的實物質量監督，無法實現質量監督機構對工程建設參與各方質量行為的全面監控。
　　建筑工程工期長、多專業、多工種和材料設備多品種的特點，決定了傳統單一的實物質量監督方式已遠遠不適應社會主義市場經濟的發展，單純依賴質量監督機構的幾次到位。施工幾百天，“判斷”一陣子，難免使監督的全面性受到約束，造成無法對工程質量進行全面準確的核驗、評定和有效控制。
　　建設工程質量監督機構的現有素質，尚不能保證政府監督的有效性。
　　政府工程質量監督經過近20年的發展，監督機構的人員素質、設備、監督理論和經驗乃至權威性雖然取得了質的變化，但一些工程質量監督機構的人員素質不高、設備相對滯后以及自我廉政、勤政約束機構不健全的問題依然不同程度地普遍存在，這些勢必影響工程質量的監督力度和深度，直接削弱了政府監督的有效性和權威性，亟待改進和完善。
　　為了全面貫徹執行《建設工程質量管理條例》等一系列工程建設的法律、法規以及工程建設強制性標準，工程質量監督機構應根據工程質量不斷發展的要求，特別是工程普遍實行監理的情況下，針對工程質量監督機構角色和職能的變化，積極探索新的思路和理念，深化工程質量監督機構改革，健全執法運行機制，建立工程質量管理與監督的新模式。
　　建立健全工程質量監督告知制度，提高監督執法的透明度，使工程質量監督真正成為“陽光監督”。
　　工程建設各方從建設工程活動一開始，就應享有知情權，了解監督工作的方式、方法、內容和手段，以便充分調動工程建設、監理和施工等受監單位自查自糾、自我約束的積極性和主動性，自覺規范質量行為，減少和避免質量事故的發生。
　　建立集體監督機制，保證執法監督的公正性和準確性。
　　深化工程質量監督機構改革，提高工程質量監督力度的重要手段是加強監督執法。應改變現有的監督方法，建立集體監督機制，一個專業配備兩名以上監督人員，并規定要持證上崗。在日常工程質量監督和調查違法行為過程中，推行“一人為私，兩人為公”的執法理念。同時規定不同級別的監督文書分別由各科室的監督人員、科長以及站領導按權限范圍簽發，保證執法檢查和處罰的嚴肅性和準確性。
　　建立預見性、服務性的質量監督模式，做到服務與執法有機結合。
　　工程質量監督機構應針對工程質量的事前控制、過程過程和事后控制三大環節，在做好過程監督和工程違規行為的嚴肅查處的同時，加強工程質量的事前監督，提高監督工作的預見性、服務性。當工程質量出現下降的趨勢或工程施工到難點部位、易出現質量通病的部位時，監督人員應及時到現場提示和指導，以此扭轉滯后監督、被動應對的局面。
　　建立行為監督與實物監督并重的監督運行機制，實現從單一實物監督向工程建設各方質量行為監督的延伸。
　　工程質量監督機構應將工程建設各方的質量行為以及其結果，即工程產品質量，均列為監督對象，將工程建設參建各方推向工程質量責任第一線，通過日常監督、監督巡查與結構工程季度大檢查相結合的監督形式，對影響建設工程質量的全要素實現全覆蓋的監督。對于在工程質量監督過程中發現的“問題工程”，除嚴格按《建設工程質量管理條例》的有關規定進行處罰外，還要建立和推行工程質量信息公示、公告制度，通過報紙、廣播、電視臺等新聞媒體定期向社會發布工程質量信息公示和公告，提高全社會的質量意識。
　　改變以日常監督為主的監督方式，將隨機檢查作為工程質量監督檢查的主要方式。
　　工程質量監督工作應采取巡查和抽檢相結合的監督方式，以保證建設工程使用安全和環境質量為主要目的；以保證地基基礎、主體結構、環境質量和與此相關的工程建設各方的質量行為為主要內容；以施工許可和竣工驗收備案制為主要手段，改變原來的預約式、通知式的監督檢查方式，加強巡回檢查和隨機抽查，保證檢查內容和部位能夠真實反映施工的質量狀況。
　　為了保證政府監督的有效性和權威性，監督機構應不斷提高監督隊伍的素質和監督工作水平。
　　沒有高素質的質監隊伍，就很難建立與質量監督職能相適應的權威。因此，工程質量監督機構必須加強質量管理、質量控制的學習，提高監督隊伍的業務素質。還應不斷完善質量監督手段，增加檢測設備，改變傳統的“敲、打、看、摸”等落后的檢查方法，加大科技含量，提高工程質量監督的工作水平。
　　工程質量監督機構應不斷建立健全行政管理、技術管理和質量監督制度，嚴格遵循質量監督程序，充分發揮各方責任主體的主導作用，依靠先進的建筑施工技術、質量管理技術和信息網絡技術，充分運用經濟和法律手段監督管理工程質量活動，不斷探索和實踐適應新時期要求的質量監督管理新模式，建立起規范的工程質量監督管理制度。