腎位于腰部，在脊柱兩旁，左右各一，故《素問》說：“腰者，腎之府。”由于腎藏先天之精，為臟腑陰陽之本，生命之源，故稱腎為“先天之本”。
　　
　　腎的主要生理功能是藏精，主生長發育和生殖；主水液、腎主納氣。其與其它組織器官的關系是：腎主骨、生髓、通于腦，齒為骨之余。其華在發，開竅于耳及二陰，在志為恐，在液為唾。腎與膀胱通過經脈的相互絡屬，構成表里關系。
　　
　　（1）腎的生理特性
　　
　　腎的生理特性，主要有兩個方面：
　　
　　1、腎性潛藏，為固攝之本。在五臟之中，腎的位置最下，而在生理功能方面主藏蓄陰精，又主命火。腎精宜藏，最忌耗泄損傷，命火宜潛于水中，不宜升騰。所以，在古代，以潛藏蟄伏之意比喻腎的生理特性。正是由于腎的封藏固攝作用，使體內精微物質得以保留，元陰元陽得以閉藏，人的生命力才能旺盛，身體才能健康。若腎有病變，使腎的封藏、固攝機能失職，就會引起陰精過度耗損妄泄病癥，表現為遺精、帶下、滑胎、尿濁、尿甜等。
　　
　　2、腎與冬氣相通應。在五臟之中，腎屬陰中之陰，而冬季陰氣最盛，故腎與冬氣相通應。表現在病理方面，腎的病變，在自然界之氣的滋助下，在冬季易于好轉，病人的自我感覺亦較為舒服些。當然冬季氣候變化過于劇烈，對腎也容易產生損害作用。
　　
　　（2）腎的主要生理功能
　　
　　（一）腎藏精，主人體的生長發育與生殖
　　
　　精是人體內最寶貴的物質之一。在中醫學理論中，精的運用甚為廣泛，歸納起來，其含義主要包括兩個方面：一是指精是構成人體的基本物質。也就是說，人體的各臟腑組織器官，均是由精這種物質構成，先有了精，在此基礎上才有了胚胎的發育，生命的產生。故《靈樞》說：人始生，先成精。二是指精為人體生長、發育及各種生命活動的物質基礎。即是說，人出生后，由幼年、青年到壯年、老年，都不斷地消耗精微物質，精即是對這些精微物質、營養成分的概括。
　　
　　藏精，是腎的主要生理功能，即是說腎對于精氣具有閉藏作用。腎所藏的精，包括先天之精和后天之精兩部分。所謂先天之精，即稟受于父母的生殖之精，它是構成胚胎發育的原始物質，具有生殖、繁衍后代的基本功能，并決定著每個人的體質、生理、發育，在一定程度上還決定著壽命。在出生離開母體后，這精就藏于腎，成為腎精的一部分，它是代代相傳、繁殖、生育的物質基礎。所謂后天之精，即指臟腑之精，是飲食水谷所化生的各種精微物質。因為這精來源于出生后，依賴于脾胃所化生，故稱之為后天之精.它是維持人體生命活動的營養物質，主要分布到五臟六腑、皮毛筋骨，以發揮其滋養濡潤作用。其通過代謝平衡后所剩余的部分，則輸注到腎臟，成為腎精的一部分。
　　
　　后天之精的化生，依賴于先天之精的資助，先天之精亦依賴于后天之精的補充，才不致耗盡。先天之精與后天之精是相互依存、相互補充、相互促進的，二者相輔相成，從而保證了腎精的充盛。先天之精與后天之精的來源雖然有異，但均藏于腎，二者是不能截然分開的。所以腎精的盛衰，除了和先天條件有關外，還和后天營養是否充盛有密切關系。
　　
　　腎藏精的生理功能十分重要，是生養身體的根本。而腎所藏之精屬于物質，這種物質又可轉化為功能，即腎精能化氣，腎精所化之氣，稱為腎氣。腎氣保證了人體的健康功能。腎中精氣的盛衰，決定著人體的生長、發育過程和生殖機能的旺盛與衰減。
　　
　　腎主生殖人體的生殖機能包括兩個方面，即性功能和生殖能力，它是繁衍后代、代代相傳的根本保證。中醫學認為，人體的生殖機能，主要和腎有關。一方面，腎藏精，腎精是人體胚胎發育的基本物質，是生命起源的物質基礎。另一方面，腎精又能促進生殖器官發育，使生殖機能成熟并維持生殖機能旺盛不衰。
　　
　　人在出生以后，由于先天之精不斷得到后天之精的滋養，腎的精氣逐漸充盛，發育到青春期，體內就產生了一種促進生殖機能成熟的物質，中醫學稱之為天癸.所謂天癸，乃是一種促進性腺發育成熟的物質。它來源于男女之腎精，主要由先天之精所化，又不斷得到后天之精的滋養和充盈。天癸能促進人體的生長發育與生殖。當天癸發展到一定水平時，則男子出現排精現象，女子按時排泄月經，男女性機能開始成熟，并已具備生殖能力。此后，隨著年齡的變化，腎精由充盛而逐漸衰減，天癸也逐漸減少，生殖能力逐漸減弱，直至喪失。由此可見，天癸的盛衰主要依賴于腎中精氣的盛衰，而人體的生殖機能，主要通過天癸而發揮作用。既然腎中精氣的盛衰，直接影響到人體的生殖機能，所以當腎中精氣衰減時，就會導致性機能和生殖機能的異常。而對于性機能和生殖機能的病變，也往往采用填補腎精的方法治療。
　　
　　腎主生長發育人體的整個生長、發育過程，均和腎中精氣的盛衰存在著極其密切的內在聯系。人從幼年開始，腎中精氣開始充盛，人體生長、發育迅速，生機活潑，在七、八歲時，由于腎中精氣的逐漸充盛，出現了齒更發長的生理變化。到了青壯年，腎中精氣更加充盛，不僅具備了生殖能力，而且身體強壯，筋骨堅強，精神飽滿，牙齒堅固，頭發黑亮，處于人生中身體最強壯的時期。進入老年，由于腎中精氣開始衰減，人的形體逐漸衰老，不僅生殖機能喪失，而且頭發斑白，牙齒動搖，彎腰駝背，步履不穩，耳聾失聰，面憔無華。
　　
　　既然腎中精氣的盛衰，決定著人體的生長、發育，那么在腎中精氣不足時，往往出現生長發育方面的異常。如在幼年時期，腎中精氣不足，則可致生長、發育遲緩，智力低下，或五遲（立遲、行遲、齒遲、語遲、發遲）、五軟（手足軟、頭軟、頸軟、肌肉軟、口軟）；在成年時期，如腎中精氣虧損過度，則可未老先衰，表現為發脫齒搖，頭暈耳鳴，記憶力減退，性功能衰弱。因此，臨床上常采用補腎精的方法治療，能獲得一定療效。另外，在腎主生長發育這一理論的指導下，對于抗衰老的預防，歷代醫家都極為重視調補腎臟，目前研制的抗衰老藥物，尤以補腎者為多。
　　
　　腎藏精，腎精化生腎氣，腎精充足，則腎氣旺盛；腎精虧損，則腎氣衰弱。腎精與腎氣互為體用，故有時將二者合稱為精氣。腎中精氣是機體生命活動的根本，對機體各種生理活動均起著極為重要的作用，故腎被看作先天之本.從陰陽屬性來分，精屬有形，為陰；氣屬無形，為陽。所以亦稱腎精為腎陰，稱腎氣為腎陽，又稱元陰和元陽.腎陰是一身陰液的本源，對機體各臟腑組織器官起著滋潤、濡養作用。腎陽是一身陽氣的根本，它對機體各臟腑組織器官起著溫煦和推動作用。腎之陰陽是人體各臟腑陰陽的根本。由于陰陽同居腎中，故腎又被稱為水火之宅.
　　
　　（二）主水液
　　
　　腎主水液，主要是指腎臟具有主持和調節人體水液代謝的生理機能。人體水液代謝的調節，雖然與肺、脾、肝、腎等多個臟腑有關，但起主導作用的是腎，腎對水液代謝的調節作用，貫穿在水液代謝過程的始終。
　　
　　腎主水液功能主要是通過腎的氣化作用來實現的。所謂氣化，是指腎中陽氣的蒸化作用。腎陽蒸化水液，使水能氣化，又能使氣聚而為水，以利于水液在體內的升降出入、布散排泄，從而使水液代謝維持正常。具體來說，腎主水液的作用主要表現在以下三個方面：
　　
　　首先是升清降濁。在水液代謝過程中，水液有清濁之分，所謂清者，即指含有營養成分的部分水液；所謂濁者，即指含有各種代謝廢物的水液。清者上升，濁者下降，是水液在體內氣化的基本規律。水液代謝，首先是通過脾胃的受納、消化和運化，其精微部分轉輸于肺，通過宣發肅降，使清者上升，濁者下降歸于腎。歸于腎的水液雖名為濁，但其中仍含有清的部分，故在腎陽蒸化作用下，濁中之清可進一步蒸騰氣化，復上升于肺，再次布散周身，這種生理過程，稱為腎的升清功能.而其中的濁中之濁，則注入膀胱為尿，這個生理過程稱為腎的降濁功能.因此，在腎的氣化作用下，清升濁降，促進著體液的代謝，維持著人體水液代謝的平衡。
　　
　　其次是司膀胱開合。膀胱的主要功能是貯尿、排尿，與腎的氣化作用密切相關。貯尿要依靠腎氣的固攝能力，排尿也要依靠其控制能力，故稱此作用為腎司膀胱開合。開，則使尿液順利排出體外；合，則使水津保留于體內，維持體內水液量的相對恒定。
　　
　　另外是對肺、脾、肝、三焦等臟腑的功能活動有促進作用。腎陽為一身陽氣的根本，是各臟腑功能活動的強大動力，只有在腎中陽氣的溫煦和蒸化作用下，脾運化水濕，肺通調水道，肝疏泄水液，三焦司水道之決瀆，以及上述膀胱適度開合等，方能并行不悖，各守其職，協調一致，維持水液代謝的平衡。若腎有病變，失去主水之功能，往往會影響水液代謝，使之發生紊亂，出現尿少，水腫等病理表現。若腎陽不足，失去溫化蒸騰作用，則表現為小便清長或尿量明顯增多等癥。
　　
　　（三）主納氣
　　
　　腎主納氣，是指腎具有攝納肺所吸入之清氣而調節呼吸的功能，防止呼吸表淺，保證體內外氣體的正常交換。
　　
　　人體的呼吸雖然由肺來主司，還必須有腎的參與才能維持正常。具體來說，由肺吸入之清氣必須下達于腎，由腎來攝納，方能保持呼吸運動的深沉和平穩，從而保證體內外氣體得以正常交換。只有肺腎協調一致，呼吸功能才會正常。實際上腎主納氣是腎的封藏作用在呼吸運動中的具體體現。因此，腎的納氣功能正常，則呼吸均勻和調。如果腎的納氣功能減退，攝納無權，則肺吸入之清氣上逆而不能下行，即可出現呼吸表淺，動則氣喘，呼多吸少，或呼吸困難等病癥。從臨床實際來看，往往在慢性氣管炎、肺氣腫、肺心病等疾患中，可見到腎不納氣的征象，治療常用補腎納氣的方法，多可獲得較好的效果。
　　
　　（3）腎的附屬功能
　　
　　（一）腎主骨、生髓、通于腦，齒為骨之余
　　
　　腎主骨、生髓的生理功能，實際上是腎之精氣具有促進機體生長發育功能的一個重要組成部分。中醫學認為，腎藏精，精生髓，髓藏于骨腔之中，髓養骨，促其生長發育。因此，腎-精-髓-骨組成一個系統，有其內在聯系。腎精充足，髓化生有源，骨質得養，則發育旺盛，骨質致密，堅固有力。反之，如腎精虧虛，骨髓化生無源，骨骼失其滋養。在小兒，就會骨骼發育不良或生長遲緩，骨軟無力，囪門遲閉等；在成人，則可見腰膝酸軟，步履蹣跚，甚則腳痿不能行動；在老年，則骨質脆弱，易于骨折等。
　　
　　髓，有骨髓、脊髓、腦髓之分。藏于骨腔內之髓，稱為骨髓。位于脊椎管內之髓，稱為脊髓。位于顱腔中的髓，稱為腦髓。這三種髓，均由腎精所化生。因此，腎中精氣的盛衰，不僅影響到骨的生長與發育，而且也影響到髓的充盈和發育。中醫學認為腦為髓之海，因為脊髓上通于腦，聚而為腦髓。腎精充沛，髓海滿盈，腦得其養，則精力充沛，思維敏捷，耳目聰明，記憶力強。反之，若腎精不足，髓海失充，在小兒，則表現為大腦發育不全，智力低下，或形成傻呆病；在成年人，多表現為記憶力減退，精神萎頓，思維緩慢，頭暈，眼花，耳鳴，失眠；嚴重者，則可發展成為健忘癥。
　　
　　牙齒屬骨的一部分，故稱齒為骨之余.既然牙齒與骨同出一源，所以牙齒也依賴于腎中精氣所充養。腎精充足，則牙齒堅固、齊全。若精髓不足，則牙齒松動，甚或脫落。對于牙齒松動等病證，臨床上亦常采用補腎的方法治療，多能獲效。
　　
　　腎主骨這一理論，近年來通過實驗研究，也進一步得到充分的證實。例如研究發現，某些補腎藥物，能增加骨的堅韌度，對于某些骨折的病人，采用補腎的方藥治療，多能加速骨質愈合。近年來，根據腎主骨的理論，從治腎入手，治療多種骨的病變，都取得滿意療效。
　　
　　（二）其華在發
　　
　　發指頭發。腎其華在發，是指腎的精氣充盛，可以顯露在頭發上，即發為腎之外候。故《素問》說：腎之合骨也，其榮發也。發的生長與脫落，榮潤與枯槁，不僅和腎中精氣的充盛程度有關，而且還和血液的濡養有關。所以，又有發為血之余的說法。但頭發的生長，根本在于腎，這是因為腎藏精，精能化血而充養頭發的緣故。因此，頭發的榮枯、黑白等變化常隨著腎中精氣盛衰的變化而變化。從幼年時期開始，腎的精氣開始充盛，頭發開始生長；青壯年時期，腎的精氣旺盛，因而頭發烏黑發亮，到了老年，腎中精氣漸衰，故頭發變白，枯槁少華，容易斷落。這些都屬于正常的生理變化。在臨床所見，凡未老先衰，頭發枯萎，或早脫早白者，多與腎中精氣虧損有關。
　　
　　（三）開竅于耳及二陰
　　
　　腎竅和其余四臟之竅不同，它有上竅和下竅之分，在上開竅于耳，在下開竅于二陰。
　　
　　耳是聽覺器官。聽覺靈敏與否，與腎中精氣的盛衰有密切關系。只有腎精充足，才能使聽覺靈敏。故《靈樞》說：腎氣通于耳，腎和則耳能聞五音矣。若腎精不足，則可引起耳的聽力減退，甚或耳聾。至于老年人的耳聾失聰等，則是由腎中精氣生理性衰減所致。
　　
　　二陰，包括前陰和后陰。前陰，指外生殖器，有排尿和生殖功能。尿液的排泄雖由膀胱所主，但仍靠腎的氣化功能才能維持正常。因此，排尿異常的病癥，如小便清長，尿頻，遺尿，尿失禁，少尿，尿閉，尿余瀝等，常責之于腎氣虛。生殖系統功能也受到腎功能影響，如腎虛則會出現陽痿，遺精，早泄等癥。后陰，即肛門，主要排泄大便。糞便的排泄，雖然主要和大腸、脾等有關，但也與腎的氣化、溫煦、封藏功能有關。因此，腎病時，常影響到糞便的排泄。例如，腎陰虛，可見大便秘結；腎陽虛則大便溏瀉；腎氣不固，則久泄滑脫。