經過2000多年的發展，針灸學已形成了完整的理論體系，并在醫療實踐中取得了輝煌的成就。由于針灸治療疾病具有操作簡便、價格低廉、療效迅速、無毒副作用等特點，為愈來愈多的國家和地區所接受。然而，針灸學的發展也面臨著諸多問題。
　　
　　背離中醫理論體系
　　
　　針灸是中醫學的重要組成部分，理所當然要在繼承與發揚中醫理論體系的前提下實現現代化。然而，也有相當一部分人認為，針灸不過是一種物理療法，除了針灸工具、常規刺激參數和建立在神經節段論基礎之上的刺激部位有臨床意義以外，經絡學說、辨證論治、針灸補瀉等傳統理論都毫無價值。于是豐富多彩的針灸醫學變成了用幾根針和少數常用穴位的簡單療法，按照這種思路進行的理論研究盡管也能說明針灸的某些作用機制，但卻難以指導臨床實踐。
　　
　　被排斥于主流醫學之外
　　
　　在針灸國際化的過程中，由于東西方的文化背景與醫療觀念的差異，當西方社會接觸到針灸時，常常自覺或不自覺地以西方的評價標準來衡量與對待針灸醫學。這個問題突出地反映在立法方面，至今在全世界140多個應用針灸的國家和地區當中，通過立法正式承認針灸的還不多。大多數國家和地區的衛生主管部門，由于種種原因還不承認針灸是醫學專業，他們或者限制針灸醫生的行醫活動或者把針灸醫生排斥于醫藥衛生界之外。
　　
　　專業機構萎縮
　　
　　我國針灸學的高等教育體系建立于20世紀70年代末和80年代初期，目前針灸專業的畢業生大部分工作在針灸臨床一線，提高了針灸學科的專業素質。然而，目前國內針灸學科的發展現狀卻不容樂觀，存在的問題也很嚴峻，在有些地區呈現萎縮狀態。問題集中地表現在，針灸科被看做附屬科室，大部分醫院無針灸病房，無法形成學科的規模和環境。目前在三級甲等中醫醫院里，針灸科病床大多在20～80張左右，而且使用率較低。由于針灸科不掙錢，成為大多數醫院精減緊縮的對象，目前許多綜合醫院沒有針灸科或僅有門診。有些醫院的針灸科合并在中醫、康復、理療等科內，多數醫院的針灸診室空間狹小，條件十分簡陋。
　　
　　人才外流
　　
　　由于大多數醫院的針灸醫生收入低，并在短期內看不到改善的可能性，從而導致我國多年培養出的大批針灸人才流失國外或者改行。
　　
　　國外針灸收費是很高的，能體現出針灸醫生的技術價值，美國每人次收費60～80美元，德國每人次40～50歐元。
　　
　　治療病種減少
　　
　　盡管針灸應用的范圍很廣，可是長期以來人們大多以為針灸只能治療疼痛、麻痹和器官功能失調，目前采用針灸治療的病種正在逐漸減少。
　　
　　收費不合理
　　
　　針灸技術價值與價格多年來嚴重相背離。如北京地區對針灸醫療收費標準為：在采用針刺療法時，無論取多少穴位針刺，每人次4元錢，火針5元，芒針9元等；病人在其他科室就診都是每次掛號，惟有針灸是掛1次號管1個療程。北京某醫院曾做過成本核算，主治醫師一年的人力成本約4萬元，針灸醫生一小時必須治療5個病人才能收回成本，可光為一個病人治療至少需要20～30分鐘；還有房屋、水電、設施、消毒針具、敷料等的消耗，每位病人的直接成本至少10元。所以針灸治病根本體現不出醫生的技術價值。
　　
　　針與灸相互脫節
　　
　　中醫學針、灸并稱，足見二者關系緊密，而目前臨床上大多是有針無灸。《黃帝內經》曰：“針所不為，灸之所宜”。臨床上對針刺治療效果較差的病證，改用灸法或根據不同的病情而選用不同的灸療間隔物，往往能收到較好的療效。針刺和艾灸雖然同是作用于經絡腧穴，但因所用方法的不同，其作用也有差異。近年來，有些醫生為了避免灸療時的煙熏火烤，為了節省人力，臨床上以針刺代替艾灸，或用紅外線照射來取代灸療法，臨床療效必然會受到影響。
　　
　　針具重復使用
　　
　　目前大多數醫院的針具都是重復使用的，它的隱患非常大。雖然國家已經將針灸針納入一次性醫療用品的管理范圍，然而由于種種原因，一次性針灸針在臨床的應用率極低，這對人民的健康構成潛在的威脅。
　　
　　國際形象受損
　　
　　目前在國際上進行針灸醫療的人，有相當一部分人根本沒有受過高等醫學教育，在國內上幾天短期學習班，就去國外給人針灸治病，其結果導致療效差，甚至出現醫療事故，嚴重地損害了中醫和針灸的國際形象。