人體在病理情況下的改變，也是可以用五行學說來說明的。由于臟腑分屬五行，臟腑之間的相互影響，也是依據五行學說的規律的。如肝病傳脾，即木乘土；而脾病及肝，即土侮木；而肝脾之間的相互病理影響，則為木郁土虛或土雍木郁。肝病影響到心，為母病及子；影響肺，即木侮金；影響腎，即子病及母。
　　
　　依靠中醫望、聞、問、切四診方法所獲得的信息均有其五行歸屬，據此，可以綜合判斷患者的疾病。比如，患者面色發青，喜食酸食，脈弦，則可診為肝病；面色紅，口中苦，脈洪大，可診斷為心火旺。又如，痙攣拘急抽風，根據五行歸類屬木病，從人體臟腑來看，可診斷為肝病；全身水腫，小便不利，五行歸類屬水病，而病位可定為腎。
　　
　　根據五行學說，治療疾病時不僅要考慮發生病變的臟腑本身，還應根據臟腑之間的生克關系，控制疾病的傳變。正如《難經》所論述的：“見肝之病，則知肝當傳之于脾，當先實脾。”
　　
　　中醫根據五行“相生”規律，提出虛則補其母，實則瀉其子的治療原則：
　　
　　1.補母，主要用于母子關系的虛證，在針灸療法中，凡是虛證，可以補其所屬的母經或母穴，如治療肝虛證時，選取腎經合穴陰谷。此即虛則補其母，補母則子安。
　　
　　2.瀉子，主要用于母子關系的實證。在針灸療法中，凡是實證，可瀉其所屬的子經或子穴。如肝實證可取心經滎穴少府，或本經熒穴行間治療。此即實則瀉其子，瀉子則母安。
　　
　　根據母子相生的關系，提出以下治療原則：
　　
　　1.滋水涵木法，即滋養腎（水）陰以養肝（木）陰的方法，適用于腎陰虧損而導致的肝陰不足之證。
　　
　　2.益火補土法，即溫腎陽（火）以補脾（土）陽的方法，適用于腎陽衰微而導致的脾陽不振之證。在五臟配屬五行中，火指心，但自命門學說興起，對機體的溫煦多指為命門之火的作用，即腎陽的作用。
　　
　　3.金水相生法，即滋養肺（金）腎（水）陰虛的治療方法，適用于肺虛不能輸布津液以滋腎，或腎陰不足，精氣不能上滋于肺，而致肺腎陰虛者。
　　
　　4.培土生金法，即補脾（土）益氣而達到補益肺（金）氣的方法，適用于脾胃虛弱，不能滋養肺而致肺虛脾弱之證。
　　
　　中醫根據五行相克規律，創建了以下治療原則：
　　
　　1.培土制水法，適用于脾虛不運，水濕泛濫而致水腫脹滿之證。土和水，指脾腎兩臟，培土制水，指溫運脾陽，或溫腎健脾，以治療水濕停聚為病，又稱溫腎健脾法。若腎陽虛不能溫脾陽，則腎不主水，脾不制水，水濕不化，治當以溫腎為主，兼顧健脾。
　　
　　2.抑木扶土法，適用于肝的疏泄太過，木旺乘土之證。木和土，乃肝脾兩臟。抑木扶土，即疏肝健脾以治療肝旺脾虛，又稱疏肝健脾法、平肝和胃法、調理肝脾法。
　　
　　3.瀉南補北法，適用于腎陰不足，心火偏旺，水火不濟，心腎不交之證。心主火，火屬南方；腎主水，水屬北方。瀉南補北法，即瀉心火滋腎水，又稱瀉火補水法。
　　
　　4.佐金平木法，適用于肺失清肅，肝火偏盛之證。金和木，乃肺肝兩臟。佐金平木，即清肅肺氣以抑制肝木，又稱清肺瀉肝法。