國際集裝箱海運運費的計算辦法與普通斑輪運費的計算辦法一樣，也是根據費率本規定的費率和計費辦法計算運費，井同樣也有基本運費和附加費之分。不過，由于集裝箱貨物既可以交集裝箱貨運站（CFS）裝箱，也可以由貨主自行裝箱整箱托運，因而在運費計算方式上也有所不同。主要表現在當集裝箱貨物是整箱托運，并且使用的是承運人的集裝箱時，集裝箱海運運費計收有“最低計費噸”和“最高計費噸”的規定，此外，對于特種貨物運費的計算以及附加費的計算也有其規定。
　　1．拼箱貨海運運費的計算
　　目前，各船公司對集裝箱運輸的拼箱貨運費的計算，基本上是依據件雜貨運費的計算標準，”按所托運貨物的實際運費噸計費，即尺碼大的按尺碼噸計費，重量大的按重量噸計費；另外，在拼箱貨海運運費中還要加收與集裝箱有關的費用，如拼箱服務費等。由于拼箱貨涉及到不同的收貨人，因而拼箱貨不能接受貨主提出的有關選港或變更目的港的要求，所以，在拼箱貨海運運費中沒有選港附加費和變更目的港附加費。
　　2．整箱貨海運運費的計算
　　對于整箱托運的集裝箱貨物運費的計收：一種方法是同拼箱貨一樣，按實際運費噸計費。另一種方法，也是目前采用較為普遍的方法是，根據集裝箱的類型按箱計收運費。
　　在整箱托運集裝箱貨物且所使用的集裝箱為船公司所有的情況下，承運人則有按“集裝箱最低利用率”（COntainer Minimum Utilization）和“集裝箱最高利用率”（Container Maximum Utilization）支付海運運費的規定。
　　（1）按集裝箱最低利用率計費
　　一般說來，班輪公會在收取集裝箱海運運費時通常只計算箱內所裝貨物的噸數，而不對集裝箱自身的重量或體積進行收費，但是對集裝箱的裝載利用率有一個最低要求，即“最低利用率”。不過，對有些承運人或班輪公會來說，只是當采用專用集裝箱船運輸集裝箱時，才不收取集裝箱自身的運費，而當采用常規船運輸集裝箱時則按集裝箱的總重（含箱內貨物重量）或總體積收取海運運費。
　　規定集裝箱最低利用率的主要目的是，如果所裝貨物的噸數（重量或體積）沒有達到規定的要求，則仍按該最低利用率時相應的計費噸計算運費，以確保承運人的利益。在確走集裝箱的最低利用率時，通常要包括貨板的重量或體積。最低利用率的大小主要取決于集裝箱的類型、尺寸和集裝箱班輪公司所遵循的經營策略。當然，在有些班輪公會的費率表中，集裝箱的最低利用率通常僅與箱子的尺寸有關，而不考慮集裝箱的類型。目前，按集裝箱最低利用率計收運費的形式主要有三種：最低裝載噸、最低運費額以及上述兩種形式的混合形式。
　　最低裝載噸可以是重量噸或體積噸，也可以是占集裝箱裝載能力（載重或容積）的一個百分比。以重量噸或體積噸表示的最低裝載噸數通常是依集裝箱的類型和尺寸的不同而不同，但在有些情況下也可以是相同的。而當以集裝箱裝載能力的一定比例確定最低裝載噸時，該比例對于集裝箱的載重能力和容積能力通常都是一樣的，當然也有不一樣的。
　　最低運費額則是按每噸或每個集裝箱規定一個最低運費數額，其中后者又被稱為“最低包箱運費”。
　　至于上述兩種形式的混合形式則是根據下列方法確定集裝箱最低利用率：
　　①集裝箱載重能力或容積能力的一定百分比加上按集裝箱單位容積或每集裝箱規定的最低運費額；
　　②最低重量噸或體積噸加上集裝箱容積能力的一定百分比。
　　（2）虧箱運費（Short fall Freight）的計算
　　當集裝箱內所裝載的貨物總重或體積沒能達到規定的最低重量噸或體積噸，而導致集裝箱裝載能力未被充分利用時，貨主將支付虧箱運費。虧箱運費實際上就是對不足計費噸所計收的運費，即是所規定的最低計費噸與實際裝載貨物數量之間的差額。在計算虧箱運費時，通常是以箱內所載貨物中費率最高者為計算標準。此外，當集裝箱最低利用率是以“最低包箱運費”形式表示時，如果根據箱內所載貨物噸數與基本費率相乘所得運費數額，再加上有關附加費之后仍低于最低包箱運費，則按后者計收運費。
　　（3）按集裝箱最高利用率計收運費
　　集裝箱最高利用率的含義是，當集裝箱內所載貨物的體積噸超過集裝箱規走的容積裝載能力（集裝箱內容積）時，運費按規定的集裝箱內容積計收，也就是說超出部分免收運費。至于計收的費率標準，如果箱內貨物的費率等級只有一種，則按該費率計收；如果箱內裝有不同等級的貨物，計收運費時通常采用下列兩種做法：一種做法是箱內所有貨物均按箱內最高費率等級貨物所適用的費率計算運費；另一種做法是按費率高低，從高費率起往低費率計算，直至貨物的總體積噸與規定的集裝箱內容積相等為止。
　　需指出的是，如果貨主沒有按照承運人的要求，詳細申報箱內所裝貨物的情況，運費則按集裝箱內容積計收，而且，費率按箱內裝貨物所適用的最高費率計。如果箱內貨物只有部分沒有申報數量，那么，未申報部分運費按箱子內容積與已申報貨物運費噸之差計收。
　　規定集裝箱最高利用率的目的主要是鼓勵貨主使用集裝箱裝運貨物，并能最大限度地利用集裝箱的內容積。為此，在集裝箱海運運費的計算中，船公司通常都為各種規格和類型的集裝箱規定了一個按集裝箱內容積祈算的最高利用率，例如，20ft集裝箱的最高利用率為31立方米，而40ft集裝箱的最高利用率為67立方米。最高利用率之所以用體積噸而不用重量噸為計算單位，是因為每一集裝箱都有其最大載重量，在運輸中超重是不允許的。因此，在正常情況下，不應出現超重的集裝箱，更談不上鼓勵超重的做法。

3．特殊貨物海運運費的計算。
　　一些特殊貨物如成組貨物、家具、行李及服裝等在使用集裝箱進行裝運時，在運費的計算上有一些特別的規定。
　　（1）成組貨物
　　班輪公司通常對符合運價本中有關規定與要求，并按拼箱貨托運的成組貨物，在運費上給予一定的優惠，在計算運費時，應扣除貨板本身的重量或體積，但這種扣除不能超過成組貨物（貨物加貨板）重量或體積的10％，超出部分仍按貨板上貨物所適用的費率計收運費。但是，對于整箱托運的成組貨物，則不能享受優惠運價，并且，整箱貨的貨板在計算運費時一般不扣除其重量或體積。
　　（2）家具和行李
　　對裝載在集裝箱內的家具或行李，除組裝成箱子再裝入集裝箱外，應按集裝箱內容積的100％計收運費及其他有關費用。該規定一般適用于搬家的物件。
　　（3）服裝
　　當服裝以掛載方式裝載在集裝箱內進行運輸時，承運人通常僅接受整箱貨“堆場一堆場”（CY／CY）運輸交接方式，并由貨主提供必要的服裝裝箱物料如衣架等。運費按集裝箱內容積的85％計算。如果箱內除掛載的服裝外，還裝有其他貨物時，服裝仍按箱容的85％計收運費，其他貨物則按實際體積計收運費。但當兩者的總計費體積超過箱容的100％時，其超出部分免收運費。在這種情況下，貨主應提供經承運人同意的公證機構出具的貨物計量證書。
　　（4）回運貨物
　　回運貨物是指在卸貨港或交貨地卸貨后的一定時間以后由原承運人運口原裝貨港或發貨地的貨物。對于這種回運貨物，承運人一般給予一定的運費優惠，比如，當貨物在卸貨港或交貨地卸貨后六個月由原承運人運回原裝貨港或發貨地，對整箱貨（原箱）的回程運費按原運費的85％計收，拼箱貨則按原運費的90％計收口程運費。但貨物在卸貨港或交貨地滯留期間發生的一切費用均由申請方負擔。
　　（5）貨物滯期費
　　在集裝箱運輸中，貨物運抵目的地后，承運人通常給予箱內貨物一定的免費堆存期（Free Time），但如果貨主未在規定的免費期內前往承運人的堆場提取貨箱，或去貨運站提取貨物，承運人則對超出的時間向貨主收取滯期費（Demurrage）。貨物的免費堆存期通常系從貨箱卸下船時起算，其中不包括星期六、星期天和節假日。但一旦進入滯期時間，便連續計算，即在滯期時間內若有星期六、星期天或節假日，該星期六、星期天及節假日也應計入滯期時間，免費堆存期的長短以及滯期費的計收標準與集裝箱箱型、尺寸以及港口的條件等有關，同時也依班輪公司而異，有時對于同一港口，不同的船公司有不同的計算方法。
　　根據班輪公司的規定，在貨物超過免費堆存期后，承運人有權將箱貨另行處理。對于使用承運人的集裝箱裝運的貨物，承運人有權將貨物從箱內卸出，存放于倉儲公司倉庫，由此產生的轉運費、倉儲費以及搬運過程中造成的事故損失費與責任均由貨主承擔。
　　（6）集裝箱超期使用費。
　　如貨主所使用的集裝箱和有關設備為承運人所有，而貨主未能在免費使用期屆滿后將集裝箱或有關設備歸還給承運人，或送交承運人指定地點，承運人則按規定對超出時間向貨主收取集裝箱期使用費。
　　4．附加費的計算
　　與普通班輪一樣，國際集裝箱海運運費除計收基本運費外，也要加收各種附加費。附加費的標準與項目，根據航線和貨種的不同而有不同的規定。集裝箱海運附加費通常包括以下幾種形式：
　　（1）貨物附加費（Cargo Additional）
　　某些貨物，如鋼管之類的超長貨物、超重貨物、需洗艙（箱）的液體貨等，由于它們的運輸難度較大或運輸費用增高，因而對此類貨物要增收貨物附加費。當然，對于集裝箱運輸來講，計收對象、方法和標準有所不同。例如對超長、超重貨物加收的超長、超重、超大件附加費（Heavylift and Over-length Additional）只對由集裝箱貨運站裝箱的拼箱貨收取，其費率標準與計收辦法與普通班輪相同。如果采甩CFS/CY條款，則對超長、超重、超大件附加費減半計呶。
　　（2）變更目的港附加費
　　變更目的港僅適用于整箱貨，并按箱計收變更目的港附加費。提出變更目的港的全套正本提單持有人，必須在船舶抵達提單上所指定的卸貨港48h前以書面形式提出申請，經船方同意變更。如變更目的港的運費超出原目的港的運費時，申請人應補交運費差額，反之，承運人不予退還。由于變更目的港所引起的翻艙及其他費用也應由申請人負擔。
　　（3）選卸港附加費（Optional Additional）
　　選擇卸貨港或交貨地點僅適用于整箱托運整箱交付的貨物，而且一張提單的貨物只能選定在一個交貨地點交貨，并按箱收取選卸港附加費。
　　選港貨應在訂艙時提出，經承運人同意后，托運人可指定承運人經營范圍內直航的或經轉運的三個交貨地點內選擇指走卸貨港，其選卸范圍必須按照船舶掛靠順序排列。此外，提單持有人還必須在船舶抵達選卸范圍內第一個卸貨港96h前向船舶代理人宣布交貨地點，否則船長有權在第一個或任何一個選卸港將選卸貨卸下，即應認為承運人己終止其責任。
　　（4）服務附加費（Service Additional）
　　當承運人為貨主提供了諸如貨物倉儲對已關或轉船運輸以及內陸運輸等附加服務時，承運人將加收服務附加費。對于集裝箱貨物的轉船運輸，包括支線運輸轉干線運輸，都應收取轉船附加費（Trans-shipment Additional）。
　　除上述各項附加費外，其他有關的附加費計收規定與普通班輪運輸的附加費計收規定相同。這些附加費包括：因港口情況復雜或出現特殊情況所產生的港口附加費（Port Additional）；因國際市場上燃油價烙上漲而增收燃油附加費（Bunkel Adjustment Factor，BAF）；為防止貨幣貶值造成運費收入上的損失而收取貨幣貶值附加費（Currency Adjustment Factor，CAF）；因戰爭、運河關閉等原因迫使船舶繞道航行而增收繞航附加費（Deviation Surcharge）；因港口擁擠致使船舶抵港后不能很快靠卸而需長時間待泊所增收的港口擁擠附加費（Port Congestion Surcharge）等。此外，對于貴重貨物，如果托運人要求船方承擔超過提單上規定的責任限額時，船方要增收超額責任附加費（Additional for Excessof Liability）。
　　需指出的是，隨著世界集裝箱船隊運力供給大于運量需求的矛盾越來越突出，集裝箱航運市場上削價競爭的趨勢日益蔓延，因此，目前各船公司大多減少了附加費的增收種類，將許多附加費并入運價當中，給貨主提供一個較低的包干運價。這一方面起到了吸引貨源的目的，同時也簡化了運費結算手續。

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