作為中華中醫藥學會針刀醫學分會副主任委員，葛恒君對針刀醫學理論研究有獨到見解。他認為，在朱漢章的帶領下，小針刀經歷了小針刀療法到針刀醫學的演變，逐漸形成了新的針刀醫學理論體系，即以四大理論為基礎、六大基本組成部分的醫學新學科。四大理論是閉合性手術理論、慢性軟組織損傷病因病理新理論、骨質增生新的病因學理論、電生理線路學說；六大基本組成部分是針刀醫學生理學“>病理生理學、針刀醫學影像學、針刀醫學手法學、針刀醫學診斷學、針刀治療學、針刀醫學護理學。

葛恒君舉例說，人體在特定時間和空間的量與度以內，自由活動狀態就叫人體的“動態平衡”，反之則叫“動態平衡失調”。不管治療哪一類慢性軟組織損傷疾病，只要將它的動態平衡恢復，這個疾病就可以得到根本治療。因此，針刀專家認為，動態平衡失調是慢性軟組織損傷的主要病理機制，而造成動態平衡失調有四大病理因素，即粘連、疤痕、攣縮、堵塞。我們要想使機體恢復動態平衡，首先就要將這四大病理因素清除。

在四大基本理論的指導下，針刀醫學形成一個獨具特色的治療學體系。將針灸針和手術刀有機結合起來，即針刀為主，手法為輔，藥物配合，成功治愈了數千萬例的頸肩腰腿疾病及疑難雜癥。同時，針刀研究取得多項科研成果，其中“針刀松解法的基礎研究”還被列入國家重點基礎研究發展計劃“973”計劃中醫理論專項課題。