一是以整體觀念為指導，保持中醫學基本理論的特色。

　　中醫學的基本理論受道家思想的影響。道家主張“天下萬物生于有，有生于無”，“道生一，一生二，二生三，三生萬物”；中醫學強調人體自身的整體性，包括各個部分的全息性和部分之間的聯系性。中醫學以整體思維來研究人體，認為任何一個部分的機能都是整體機能的反映。西醫學運用解剖分析還原方法來研究人體，是由部分到整體的思維。按照中醫學的整體思維，來研究人體的某一具體的臟腑經絡組織器官的某一功能，是由整體到部分的研究思路。中醫與西醫的研究思路雖然不同，但研究的對象都是人體，兩種不同的研究必然會產生一個交會點，這可能就是揭示人體生命規律的目標點。就目前來說，“證”的研究可能是中醫理論與臨床研究的突破點。因為證是中醫學整體思維和辨證論治思想的集中反映，證的病理模型研制、客觀化研究和機理研究是按照中醫學研究思路而作的探索，應是提倡和鼓勵的研究思路和方法。

　　二是將中醫學理論納入現代科學研究序列。

　　中醫學應屬自然科學，當以自然科學的研究方法來研究和發展中醫學理論。結合目前中醫學理論研究的實際，提出以下研究思路：即在明確某一理論和概念之內涵的基礎上，抓住某一點或某一環節進行細致的深層次的微觀研究。或探討其內在的機制或機理，或以現代實驗技術建立證的病理模型的方法，以求建立證的評價標準，或對某一理論作出科學的闡釋，或找到某一方藥的作用部位或作用環節。如對肺主行水理論的研究，在確定其理論內涵的基礎上，以現代的科學實驗技術和方法，建立肺行水與呼吸相關的病理模型——寒飲蘊肺證家兔病理模型，在研究和確立該證評價標準的同時，也從某一側面得出肺行水的內在機理，同時也可找到治療該證的溫陽化飲方的作用環節或作用部位。因而可從細胞和分子生物學角度對肺主行水的理論作出科學的闡釋。

　　三是繼續強化中醫學在思維方法和人文科學方面的研究。

　　在繼續傳統思維方法研究的同時注重革新。精氣陰陽五行學說是作為一種思維方法而滲透于中醫學的，它們在中醫學理論體系的構筑過程中起了重要的方法學作用，但它們并非中醫學固有的概念或理論。古代哲學的精氣陰陽五行學說是作為一種方法或一種解釋性模型來說明中醫學的臟腑經絡精氣血津液的作用和功能的，來闡釋人體的生命活動規律的。就目前而言，它們仍是中醫學的主要思維方法，其合理的內核，科學的精髓以及方法學方面的作用，仍有繼續深入發掘的必要。勿庸諱言，隨著中醫學理論的繼承性研究和現代實驗研究的發展和深入，古代哲學思想對中醫學的影響將越來越被淡化。實際上，中醫學若作為一門自然科學繼續發展，不可能永遠與兩千年前的哲學思想——精氣陰陽五行諸學說綁在一起。中醫學的某些帶有陰陽痕跡的術語如腎陰腎陽等，到時也只會是一些內涵明確的概念，已不再具備哲學的陰陽概念和運動規律了。

　　要注重中醫學思維方法的革新，在發掘傳統思維方法如宏觀、整體、類比、外揣等的同時，開展微觀、局部、邏輯、系統等思維方法的研究，構建中醫學的新的方法學體系。中醫學理論的發展和創新，只用傳統的思維方法來研究是遠遠不夠的，必須注重和發展在整體觀念指導下的局部的、形體的、微觀的研究。

　　同時，強化中醫學在人文科學方面的發展。“生物—心理—社會”現代醫學模式在70年代已經提出，醫學不再是單純的生物醫學，已經融合進了諸多人文社會學科的知識，心身醫學的發展就說明了這一點。中醫學受古代哲學的深刻影響，也融有大量的社會學知識。中醫學整體思想的建立，強調自然和社會環境對人體的影響，就是這種思想的反映。但中醫學中的人文社會學知識不應停留在兩千年前的精氣陰陽五行學說的水平上，而應在吸收古代哲學思想中精華的基礎上，兼收并蓄古今中外人文科學中的精華，以充實和發展中醫學理論。

　　四是創建科學的假說和構建新的理論體系。

　　在以繼承性研究確立中醫學某一基本理論和概念的內涵以及以現代科學手段對該理論和概念的內涵作深化研究的過程中，科學的假說和新的理論就可能孕育產生。如在比較研究中醫學的精氣理論與古代哲學的精氣學說的過程中，在對藏象概念的內涵及其產生根源的探討中，發現了現行的“臟腑氣血陰陽”理論體系的諸多問題，產生了構建“臟腑—精氣—陰陽”理論體系的想法，以科學地表述臟腑之精、氣、陰陽的概念及其之間的邏輯關系，并較確切地表述臟腑的生理功能和病理變化。臟腑精氣陰陽理論體系，實際上是一個新的臟腑功能和人體生命活動的解釋性模型，對認識人體生命的來源，說明人體生命的持續和變化規律，指導臨床臟腑病證的辨證和治療，具有重要的指導意義。再如在確立肺行水理論的內涵及對此理論作深化研究的過程中，我們發現肺的行水功能與呼吸道的舒縮密切相關，因而在科學實驗的基礎上，提出肺陽行水的作用機制可能在于調節呼吸道的舒縮的假說。