先秦時期，學術空氣空前活躍，出現了樸素的唯物辯證法思想。這些科學的思想滲透到中醫學中，對其理論體系的形成產生了積極的影響。

　　古代哲學的精氣學說對中醫學理論體系的形成產生了重要的影響。戰國時期，哲學家們認為世界上一切有形的東西都是由無形的精氣（即氣）變化而成的，即所謂“有形生于無形”，“氣變而有形”。但這無形之氣是從哪里來的，并沒有搞清楚。到東漢，唯物論者才明確肯定了氣是最初的，即所謂元氣。如何休的《公羊傳解詁》說：“元者，氣也。無形以起，有形以分，造起天地，天地之始也”。自然界的一切有形物質都本原于氣，人類當然也是氣變化而成的。如《易傳·系辭下》說：“精氣為物”；王充的《論衡·論死》指出：“氣凝為人”。這無疑是一種樸素的唯物論認識。更為重要的是，戰國時期的哲學家們已經認識到氣是充滿人體的，氣的不斷運動維持著人體的生命活動。如《管子·內業》說：“精（氣）自生，其外安榮，內臟以為泉源。”《莊子·知北游》說：“人之生，氣之聚也。聚則為生，散則為死。”

　　精氣學說體現了古代哲學中樸素的唯物論思想，滲透到中醫學中，對其唯物主義生命觀的建立產生了積極的影響。中醫學認為，精是人體生命的本原物質，它先身而生，具有遺傳性，“人始生，先成精”，沒有精就沒有生命。此精是指稟受于父母的精，父母之精相合，構成了胚胎發育的原始物質，產生了新的生命個體。氣由精化，也可從自然界獲得，氣的不斷運動推動著人體的生命進程。因而氣既是人體的組成部分，又是含有巨大能量，具有很強活力的無形可見的極細微物質，是推動生命進程的動力。氣的運動停止，則意味著生命的終結。

　　陰陽五行學說是古代哲學中樸素的辯證法思想，滲透到中醫學中，推動了醫學理論體系的建立。

　　陰陽的概念，最初是指日光的向背。以后逐漸引申擴展，幾乎把自然界所有的自然現象和事物都區分為陰陽兩類，甚至把形成宇宙的本原物質——氣，也分出陰陽來，即所謂“一氣分陰陽”。由于氣是萬物產生、運動、變化的根源，于是陰陽也就與事物的發生、發展、變化聯系起來。到了春秋戰國時代，人們認為一切自然現象都是陰陽相互作用的結果。清陽為天，濁陰為地，“天地氤氳，萬物化醇”（《易傳·系辭下》），“天地合而萬物生，陰陽接而變化起”（《荀子·禮論》）。甚至將隕石的墜落、地震的發生，亦認為是陰陽相錯相蕩的結果。于此，人們把事物發生發展變化的規律概括為“一陰一陽之謂道”。

　　陰陽學說滲透到醫學領域，與醫學的理論和實踐融為一體，形成了中醫學獨特的陰陽學說。它不但用以解釋與人息息相關的自然環境的變化，更重要的是用以闡釋人體的生理病理，并指導疾病的診斷與防治。用于說明人體的生理，則謂“陰平陽秘”；用于解釋人體的病理，則謂“陰陽失調”；用于診斷，則云“察色按脈，先別陰陽”；用于治療，則云“謹察陰陽所在而調之，以平為期”。因此，陰陽學說幾乎滲透到從理論到臨床的每一角落，已經成為中醫學理論體系的一個重要組成部分。

　　五行，最早是指人類生活中不可缺少的水、火、木、金、土五種物質，又稱“五材”。以后被用來概括世間萬物的屬性。此時的五行已不是那五種物質的本身，而是其屬性的歸納，即《尚書。洪范》所謂“水曰潤下，火曰炎上，木曰曲直，金曰從革，土爰稼穡”。戰國時期的鄒衍首先肯定了火勝金、金勝木、木勝土、土勝水、水勝火的五行相克順序。從《管子》、《呂氏春秋》等書將五時與五行相配的順序看，五行相生順序在此也基本形成。五行相生說明事物之間的相互促進關系，五行相克說明事物之間的相互制約關系，這是具有辯證法思想的。

　　五行學說滲透到醫學領域，主要用以解釋人體的生理聯系與病理影響，并指導疾病的診斷與治療。它用事物的五行歸類及生克規律，說明人體臟腑組織之間以及人體與外在環境之間相互聯系的統一性，進一步確立了中醫學的基本觀點——整體觀。