1990年1月18日下午3點5分左右，長崎市長本島等在市政廳門前乘車時，遭到一名暴徒槍擊，子彈從他身后左肩處穿透前胸。本島市長被立即送到醫院搶救，醫生說他尚無生命危險。暴徒乘車逃跑。
槍擊事件發生后，日本全國為之震驚，輿論嘩然。日本政府發言人、內閣官房長官森山說，犯人兇惡至極，給社會造成重大影響，期待盡早把犯人捉拿歸案，查清事件。支持本島市長見解的市民組織“要求言論自由長崎市民會”的代表、長崎大學教授巖松繁俊說，這是倒退到戰前恐怖時代的行為，實在令人震驚。本島市長發表認為天皇有戰爭責任的見解以后，我們征集了38萬人表示支持的簽名。這次槍擊事件證明日本的民主主義社會仍是淺薄的。與長崎市同遭原子彈之害的廣島市市長荒木武說，不論槍擊者持有什么想法，暴力手段是法治國家不能允許的，祈望本島盡快恢復健康。
